有神论者总是想用抓住科学中的一些缺陷的方式来否定科学无神论。然而科学无神论者本来就没有否认过科学有缺陷。他们一直支持发现当前科学的缺陷和不足，从而不断地改进和完善科学。否则科学家还研究什么。问题是科学有缺陷不等于神学就正确，从“我不能徒步走到月亮上去”推不出“你能徒步走到月亮上去”。
比如进化论就是他们主要攻击的一个对象。其实科学家从来都没有讳言人类现在掌握的材料中尚缺少很多物种进化的中间环节的证据，所以他们才仍在孜孜不倦地工作着。科学无顶峰，科学家们不仅提出假设后寻找证据以证明自己的观点，也随时准备根据新的证据修改自己的观点。科学从来就没有把自己的任何理论说成是绝对真理。问题是，到目前为止还没有一个更好的理论能够代替进化论。神创论比起进化论来缺失的证据实在有天壤之别。有神论者如果只是一味地列出进化论的缺陷而不论证神创论的证据强于进化论，则对于神创论的支持是毫无力度的。在科学那里单纯评价一个观点是没有意义的，必须把它和理由放在一起才能评价，即那些理由是否能够支持这个观点。否则你说就是“神创造天地”，我说就不是“神创造天地”，接下来还说什么呢？有神论者用大量的篇幅来攻击进化论的缺陷，其实也是为了掩盖证明神创论的理由实在贫乏、禁不起推敲。
科学无神论者相信某种学说不是因为它被称为科学，而是因为它得到足够的证明。对于任何观点，科学无神论者不会简单地说信或者不信，而是要看有哪些证据支持这个观点，分析这些证据的可靠性和它们对所要证的观点的支持程度。这就是科学与神学的一个分水岭。神学满足于相信，而科学更在意凭什么相信。这也是我在论坛的讨论中较多地使用反问句的原因。更进一步，科学无神论者相信进化论不仅仅是在看了进化论证明的时候，而且还在看了神创论的证明并将双方进行了对比以后。